（五）研发费加计扣除优惠政策常见问题
相关文件:《财政部国家税务总局科技部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》（财税〔2015〕119号）、《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告公告》（2015年第97号）、《税务总局所得税司负责人就研发费用税前加计扣除政策有关问题答问》
105.研发费用加计扣除政策基本内容？
依据《企业所得税法实施条例》第九十五条规定，企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。
106.今年(2016年1月1日)开始实行的研发费用税前加计扣除政策调整主要体现在哪些方面？
与原政策相比，此次研发费用加计扣除政策的调整完善主要体现在以下五个方面：
一是放宽研发活动适用范围。原来的研发费用加计扣除政策，要求享受优惠的研发活动必须符合《国家重点支持的高新技术领域》和《当期优先发展的高技术产业化重点领域指南》两个目录范围，现改为参照国际通行做法，除规定不适用加计扣除的活动和行业外，其余企业发生的研发活动均可以作为加计扣除的研发活动纳入到优惠范围里来。换言之，从操作上以及政策的清晰度方面，由原来的正列举变成了反列举，只要不在排除范围之内，都可以实行加计扣除。
二是进一步扩大研发费用加计扣除范围。除原有允许加计扣除的费用外，将外聘研发人员劳务费、试制产品检验费、专家咨询费、高新科技研发保险费以及与研发直接相关的差旅费、会议费等纳入研发费用加计扣除范围，同时放宽原有政策中要求仪器、设备、无形资产等专门用于研发活动的限制。
三是为落实《国务院关于推进文化创意和设计服务与相关产业融合发展的若干意见》（国发〔2014〕10号）的规定精神，明确企业为获得创新性、创意性、突破性的产品进行创意设计活动而发生的相关费用可以税前加计扣除。同时明确了创意设计活动的具体范围。
四是简化对研发费用的归集和核算管理。原来企业享受加计扣除优惠政策必须单独设置研发费用专账，但实际上很多企业可能没有单独设立专账核算，申报的时候往往不符合条件。此次政策调整，只是要求企业在现有会计科目基础上，按照研发支出科目设置辅助账。辅助账比专账简化的多，企业的核算管理更为简便。
五是减少审核程序。原来企业享受加计扣除优惠，必须在年度申报时向税务机关提供全部有效证明，税务机关对企业申报的研发项目有异议时，由企业提供科技部门的鉴定意见，增加了企业的工作量，享受优惠的门槛较高。调整后的程序将企业享受加计扣除优惠政策简化为事后备案管理，有关资料由企业留存备查即可。另外，在争议解决机制上也进行了调整，如果税务机关对研发项目有异议，不再由企业找科技部门进行鉴定，而是由税务机关转请科技部门提供鉴定意见。在使企业享受优惠政策的通道方面更便捷、更直接、更高效。
107.核定征收企业可以享受研发费用加计扣除政策吗？
研发费用加计扣除政策适用于会计核算健全、实行查账征收并能够准确归集研发费用的居民企业。换言之，以核定征收方式缴纳企业所得税的企业不能享受此项优惠政策。
108.适用研发费用加计扣除政策的研发活动范围是什么？
研发活动是指企业为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而持续进行的具有明确目标的系统性活动。为加深对研发活动的理解和准确把握，根据研发活动的定义，《通知》将企业发生的一般性的知识性、技术性活动如产品（服务）的常规性升级，对某项科研成果的直接应用，社会科学、艺术或人文方面的研究等7项活动排除在研发活动之外。由于此类活动不属于税收意义上的研发活动，因而此类活动所发生的支出不适用研发费用加计扣除优惠政策。
109.哪些研发费用允许在税前加计扣除？
允许加计扣除的研发费用范围：包括人工费用、直接投入费用、折旧费用、无形资产摊销、新产品设计费、新工艺规程制定费、新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费以及其他相关费用等6项费用。其中，其他相关费用加计扣除的金额受可加计扣除研发费用总额10%的比例限制。
110.研究开发人员的范围如何界定？
研究开发人员的构成，分为研究人员、技术人员和辅助人员三类，《公告》分别对三类人员进行了界定。研究开发人员的聘用形式，既可以是本企业的员工，也可以是外聘，包括劳务派遣等形式。外聘研发人员包括与本企业签订劳务用工协议（合同）和临时聘用的研究开发人员、技术人员、辅助人员，辅助人员不包括为研发活动从事后勤服务的人员。
111.实行加速折旧的固定资产折旧额加计扣除口径如何确定？
企业开展研发活动中实际发生的研发费用可按规定享受加计扣除，因此，《公告》明确企业用于研发活动的仪器、设备符合税法规定且选择享受加速折旧政策的，在享受研发费用加计扣除政策时，就已经进行会计处理计算的折旧、费用的部分加计扣除，但不得超过按税法规定计算的金额。为便利理解，举例说明如下：
例1：甲汽车制造企业2015年12月购入并投入使用一专门用于研发活动的设备，单位价值1200万元，会计处理按8年折旧，税法上规定的最低折旧年限为10年，不考虑残值。甲企业对该项设备选择缩短折旧年限的加速折旧方式，折旧年限缩短为6年（10×60%=6）。2016年企业会计处理计提折旧额150万元（1200/8=150），税收上因享受加速折旧优惠可以扣除的折旧额是200万元（1200/6=200），申报研发费用加计扣除时，就其会计处理的“仪器、设备的折旧费”150万元可以进行加计扣除75万元（150×50%=75）。若该设备8年内用途未发生变化，每年均符合加计扣除政策规定，则企业8年内每年均可对其会计处理的“仪器、设备的折旧费”150万元进行加计扣除75万元。
例2：接上例，如企业会计处理按4年进行折旧，其他情形不变。则2016年企业会计处理计提折旧额300万元（1200/4=300），税收上可扣除的加速折旧额为200万元（1200/6=200），申报享受研发费用加计扣除时，对其在实际会计处理上已确认的“仪器、设备的折旧费”，但未超过税法规定的税前扣除金额200万元可以进行加计扣除100万元（200×50%=100）。若该设备6年内用途未发生变化，每年均符合加计扣除政策规定，则企业6年内每年均可对其会计处理的“仪器、设备的折旧费”200万元进行加计扣除100万元。
112.研发活动和非研发活动共用的人员及仪器、设备、无形资产对应的研发费用能否税前加计扣除？
考虑到企业尤其是中小企业从事研发活动的人员同时也会承担生产经营管理等职能，用于研发活动的仪器、设备、无形资产同时也会用于非研发活动，如再强调“专门用于”研发活动，不切合企业生产经营实际，挫伤企业研发积极性。因此，此次完善政策时取消了“专门用于”的限制。
放开限制后，为提高政策的可操作性，《公告》对此类研发费用归集方法提出了具体要求，即，企业应对此类人员活动及仪器、设备、无形资产使用情况做必要记录，并将其实际发生的相关费用按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。
113.如何归集和计算其他相关费用及其限额？
考虑到其他相关费用名目不一，不能穷尽列举，因此，《公告》明确与研发活动直接相关的其他相关费用应按项目分别计算，每个项目可加计扣除的其他相关费用都不得超过该项目可加计扣除研发费用总额的10%。
鉴于其他相关费用的限额计算较为复杂，为减少计算错误，降低纳税风险，《公告》对其他相关费用的限额计算规定了计算公式。其他相关费用限额＝《通知》第一条第一项允许加计扣除的研发费用中的第1项至第5项的费用之和×10％/(1-10%)。
例如：某企业2016年进行了二项研发活动A和B，A项目共发生研发费用100万元，其中与研发活动直接相关的其他费用12万元，B共发生研发费用100万元，其中与研发活动直接相关的其他费用8万元，假设研发活动均符合加计扣除相关规定。A项目其他相关费用限额＝（100-12）×10%/(1-10%)＝9.78，小于实际发生数12万元，则A项目允许加计扣除的研发费用应为97.78万元（100-12+9.78＝97.78）。B项目其他相关费用限额＝（100-8）×10%/(1-10%)＝10.22，大于实际发生数8万元，则B项目允许加计扣除的研发费用应为100万元。
该企业2016年可以享受的研发费用加计扣除额为98.89万元[（97.78+100）×50%＝98.89]。
114.应扣减可加计扣除的研发费用的特殊收入有哪些？
企业开展研发活动中实际发生的研发费用可按规定享受加计扣除优惠政策，实际研发中常有已归集计入研发费用，但在当期取得的研发过程中形成的下脚料、残次品、中间试制品等特殊收入，此类收入均为与研发活动直接相关的收入，应冲减对应的可加计扣除的研发费用。为简便操作，《公告》明确，此类收入应冲减当期可加计扣除的研发费用，不足冲减的，允许加计扣除的研发费用按零计算。
生产单机、单品的企业，研发活动直接形成产品或作为组成部分形成的产品对外销售，产品所耗用的料、工、费全部计入研发费用享受加计扣除不符合政策鼓励本意。考虑到材料费用占比较大且易于计量，为强化政策导向，《公告》明确，研发活动直接形成产品或作为组成部分形成的产品对外销售的，研发费用中对应的材料费用不得加计扣除。
115.企业取得的财政性资金用于研发形成的研发支出可否税前加计扣除？
《企业所得税法实施条例》规定，企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者资产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。据此，《公告》明确企业取得作为不征税收入处理的财政性资金用于研发活动所形成的费用或无形资产，也不得计算加计扣除。当然，未作为不征税收入处理的财政性资金用于研发活动所形成的费用或无形资产，可按规定计算加计扣除。
116.不允许加计扣除费用的确定原则是什么？
研发费用的核算无论是计入当期损益还是形成无形资产，可加计扣除的研发费用都应属于《通知》及《公告》规定的范围，同时应符合法律、法规和税务总局税前扣除的相关规定，即不得税前扣除的项目也不得加计扣除。
117.企业委托研发过程中发生的研发费用如何加计扣除？
委托研发情形下，考虑到涉及商业秘密等原因，《通知》规定，企业委托外部机构或个人进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%由委托方加计扣除，受托方不得再进行加计扣除。除受托方与委托方存在关联关系情况外，委托方加计扣除时不再需要提供研发项目的费用支出明细情况。《公告》进一步明确，委托方发生的费用，可按规定全额税前扣除，加计扣除时按照委托方发生费用的80%计算加计扣除。《公告》特别强调，委托个人研发的，应凭个人出具的发票等合法有效凭证计算税前加计扣除。
为有利于鼓励我国企业提高科技创新水平和能力，《通知》规定企业委托境外研发不得加计扣除。《公告》进一步对受托研发的境外机构和个人的范围作了解释。受托研发的境外机构是指依照外国和地区（含港澳台）法律成立的企业和其他取得收入的组织，受托研发的境外个人是指外籍（含港澳台）个人。
118.不适用税前加计扣除优惠政策行业的判定标准是什么？
《通知》列举了不适用加计扣除优惠政策的六个行业，以《国民经济行业分类与代码（GB/4754-2011）》为准，并随之更新。考虑到当前企业经营多元化的实际情况，为合理判断纳税人所属行业，《公告》明确，《通知》所列六个行业企业是指以列举行业业务为主营业务，其研发费用发生当年的主营业务收入占企业按税法第六条规定计算的收入总额减除不征税收入和投资收益的余额50%（不含）以上的企业。
119.研发费用税前加计扣除政策对企业会计核算有什么要求？
企业应按照国家财务会计制度要求，对研发支出进行会计处理。研发项目立项时应设置研发支出辅助账，由企业留存备查；年末汇总分析填报研发支出辅助账汇总表，并在报送《年度财务会计报告》的同时随附注一并报送主管税务机关。
为规范辅助账管理，减轻企业负担，《公告》按照研发活动的类别分别设计了辅助账及辅助账汇总表样式，企业可以参照编制。
120.享受研发费用税前加计扣除政策的申报及备案管理的基本要求是什么？
根据《国家税务总局关于发布〈企业所得税优惠事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2015年第76号）的规定:
企业实际发生的研发费用，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度汇算清缴纳税申报时，再依照规定享受加计扣除优惠政策。同时，根据研发支出辅助账汇总表，填报研发项目可加计扣除研发费用情况归集表，随年度申报表一并报送。
为简化办理手续，研发费用加计扣除实行备案管理。除“备案资料”和“主要留存备查资料”按照《公告》规定执行外，其他备案管理要求按照《国家税务总局关于发布<企业所得税优惠政策事项办理办法>的公告》（国家税务总局公告2015年第76号）的规定执行。
（六）新疆特有的优惠政策
121.新疆困难地区新办企业优惠政策
2010年1月1日至2020年12月31日，对在新疆困难地区新办的属于《新疆困难地区重点鼓励发展产业企业所得税优惠目录》范围内的企业，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。
相关文件：《财政部国家税务总局下发关于新疆困难地区新办企业所得税优惠政策的通知》（财税〔2011〕53号）
122.新疆喀什、霍尔果斯特殊经济开发区新办企业优惠政策
2010年1月1日至2020年12月31日，对于新疆喀什、霍尔果斯两个特殊经济开发区内新办的属于《新疆困难地区重点鼓励发展产业企业所得税优惠目录》范围内的企业，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，五年内免征企业所得税。
相关文件：《财政部国家税务总局下发关于新疆喀什霍尔果斯两个特殊经济开发区企业所得税优惠政策的通知》（财税〔2011〕112号）
123.加快自治区纺织业发展优惠政策
对自治区境内的纺织企业，自2011年起，免征5年企业所得税地方分享部分；
在2011年—2015期间，对企业有重大技术改造、扩大规模、生产工艺创新和延伸下游产业链的，经过自治区财税部门和自治区纺织行业主管部门共同认定后，自认定之日起，可继续免征5年企业所得税地方分享部分。
根据国家西部大开发有关规定，自2011年起，凡属鼓励发展产业目录范围内的纺织企业，在享受西部大开发企业所得税优惠税率的基础上，免征5年地方分享部分。
对在自治区困难地区新办的属于重点鼓励发展目录范围内的纺织企业，可享受企业所得税“两免三减半”政策，减半征收期间免征地方分享部分。期满后，在政策规定期限内，可以继续享受免征企业所得税地方分享部分或西部大开发税收优惠政策。
相关文件：《自治区财政厅经济和信息化委员会国家税务局地方税税务局关于印发<自治区加快纺织业发展有关财税政策实施办法>的通知》（新财法税〔2011〕7号）
124.促进自治区旅游业发展优惠政策
自2011年起，对自治区境内从事A级旅游景区景点基础设施建设（主要开发建设）及在A级旅游景区景点从事旅游服务经营的企业，5年免征企业所得税地方分享部分。
自2011年起，对自治区境内的旅行社，5年免征企业所得税地方分享部分。
自2011年起，对自治区境内从事旅游纪念品生产、加工的企业，5年免征企业所得税地方分享部分。
对在自治区困难地区新办的属于重点鼓励发展产业目录范围内的旅游企业，可享受企业所得税“两免三减半”政策，在2011年—2015年，减半征收期间免征地方分享部分。期满后，符合西部大开发税收优惠政策规定的企业，可以继续享受国家西部大开发税收政策。
自2011年起，对自治区境内除市、县地区以外的A级景区景点范围内，主要为景区景点服务的宾馆，5年免征企业所得税地方分享部分。
相关文件：《自治区财政厅国家税务局地方税务局旅游局关于印发<自治区促进我区旅游业发展的财税政策实施办法>的通知》（新财法税〔2011〕40号）
125.促进自治区出口生产企业发展的优惠政策
2011年至2020年，对新办企业出口额占销售总额的比例超过50%（含50%，下同），现有企业出口额占销售总额超过70%（含70%，下同）的出口生产企业，免征企业所得税地方分享部分，但累计享受不超过5年。
在新疆困难地区新办的、属于自治区鼓励类发展产业目录范围的出口生产企业，享受企业所得税“两免三减半”政策的同时，对出口额占销售总额的比例超过50%的出口生产企业，在减半征收期间免征地方分享部分。
对属于国家西部大开发鼓励类产业目录、享受高新技术企业税收优惠政策的出口生产企业，对新办企业出口额占销售总额的比例超过50%、现有企业出口额占销售总额的比例超过70%的出口生产企业，在享受企业所得税优惠税率的基础上，免征企业所得税地方分享部分。
相关文件：《自治区人民政府关于促进我区出口生产企业发展的税收政策的通知》（新政发〔2011〕117号）
126.促进自治区中小企业发展的优惠政策
2010年至2020年，对在受援地区新办的鼓励类中小企业，享受自治区企业所得税地方分享部分“两免三减半”优惠。
对南疆三地州新办的鼓励类中小企业，再享受企业所得税地方分享部分五年减半征收的优惠政策。
相关文件：《自治区财政厅关于促进中小企业发展的实施意见》（新政发〔2010〕92号）
127.促进自治区股权投资类企业发展的优惠政策
经自治区金融办备案的股权投资类企业，自2010年1月1日起至2015年12月31日止，公司制的股权投资类企业，纳入自治区支持中小企业服务体系，依法享受国家西部大开发各项优惠政策，执行15%的所得税率，自治区地方分享部分减半征收。
未能纳入该体系享受西部大开发政策的，减免企业所得税自治区地方分享部分的70%。
相关文件：《自治区财政厅关于印发<新疆维吾尔自治区促进股权投资类企业发展暂行办法>的通知》（新政办发〔2010〕187号）
四、跨地区经营汇总纳税企业管理（7）
128.我是一名基层税务管理人员，对目前总分支机构汇总纳税的管理办法有点糊涂，想问问目前对总分支机构汇总纳税的管理总共有几种，应该怎样管理？
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款规定“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税”
按照企业缴纳的企业所得税全部为中央收入还是中央和地方分享收入两个标准，总分支机构汇总纳税征收管理办法分为两大类三种。
第一大类：企业缴纳的企业所得税为中央和地方分享收入，按照《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(2012年第57号，简称“57号公告”)的规定进行管理。
第二大类：企业缴纳的企业所得税全部为中央收入，也就是57号公告第二条第二款列示的18家不执行57号公告的企业。分以下两种情况进行管理：
1.铁路运输企业（包括广铁集团和大秦铁路公司）、国有邮政企业、中国工商银行股份有限公司、中国农业银行、中国银行股份有限公司、国家开发银行、中国农业发展银行、中国进出口银行、中央汇金投资有限责任公司、中国建设银行股份有限公司、中国建银投资有限责任公司以及海洋石油天然气企业（包括港澳台和外商投资、外国海上石油天然气企业）等企业的所得税汇总纳税，按照《国家税务总局关于中国工商银行股份有限公司等企业企业所得税有关征管问题的通知》（国税函[2010]184号）文件的规定进行征收管理。
2.中石油、中石化下属不具有法人资格的二级分支机构企业所得税的申报方式及就地预缴比例，按照《国家税务总局关于中国石油天然气股份有限公司、中国石油化工股份有限公司缴纳企业所得税问题的通知》（国税函〔2009〕573号）及《国家税务总局关于中国石油天然气股份有限公司中国石油化工股份有限公司企业所得税征管问题的通知》（国税函【2010】623号）文件的规定进行征收管理。
129.跨地区经营汇总纳税企业如何进行企业所得税汇算清缴？
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第十条规定：汇总纳税企业汇算清缴时，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。同时明确：涉及退税时，也可经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。第十一条规定了总分支机构汇算清缴时应报送的申报表、财务报表及其他相关资料。
相关文件：《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(2012年第57号)
130.分支机构是否要实质地参与汇算清缴，是否进行年度纳税调整？
跨地区经营汇总纳税企业汇算清缴的主体仍然是总机构，分支机构并不需要进行年度纳税调整，自行计算应纳税所得额和应纳税额，只是根据总机构填报的分配表中应缴应退的税款，就地申报补退税。为了保证汇缴工作的顺利进行，也需要分支机构填列年度纳税申报表，但只需要填列有限的几项，与总机构的年度纳税申报完全是两个概念。同时，为便利就地实施税务检查，也需要分支机构报送参与企业年度纳税调整情况的说明，该说明由总机构确认后提交，涉及需由总机构统一计算调整的项目不进行说明。
相关文件：《国家税务总局办公厅关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告的解读》
131.对二级分支机构查补税款如何计算？如何在总分机构之间进行分摊？依据的原则是什么？
对二级分支机构查补税款计算与分摊入库问题的处理要遵循三个原则，一是要坚持法人所得税制，二是要遵循《财政部国家税务总局中国人民银行关于印发〈跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法〉的通知》（财预[2012]40号）（以下简称40号文件）的基本分配框架，三是要尽量提高二级分支机构所在地税务机关就地监管的积极性。基于此，《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第二十八条明确，二级分支机构所在地主管税务机关可自行对其主管二级分支机构实施税务检查，但对查补税款的计算应按照法人所得税制的要求进行，不得侵犯纳税人的合法权益。同时明确，对二级分支机构的查补税款，50%应分配给总机构缴纳（总机构所在地和中央国库待分配账户各占25%），50%分配给参与检查的二级分支机构缴纳，没参与检查的其他二级分支机构不参与查补税款的分配。这样，既坚持了40号文件的基本分配格局，又适当体现了对就地监管努力的尊重，有利于提高征管效率，堵塞征管漏洞。
相关文件：《国家税务总局办公厅关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告的解读》
132.跨地区经营汇总纳税企业哪些机构就地分摊缴纳企业所得税？
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第四条规定：总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。这是对二级分支机构法律形式和运营特点的一般概括。
办法同时明确了一种视同二级分支机构的情形，属于二级分支机构特例。第十六条第一款规定：总机构设立具有主体生产经营职能的部门（非办法第四条规定的二级分支机构），且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构，按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税；该部门与管理职能部门的营业收入、职工薪酬和资产总额不能分开核算的，该部门不得视同一个二级分支机构，不得按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
相关文件：《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(2012年第57号)
133.跨地区经营汇总纳税企业哪些机构不就地分摊缴纳企业所得税？
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第五条明确了不就地分摊缴纳企业所得税的二级分支机构，具体包括：（1）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。（2）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。（3）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。（4）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。（5）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
对新设立的二级分支机构，第十六条第二款、第三款明确了两种例外情形，即不视同新设二级分支机构的情形，主要考虑这些机构之前已经存在并已就地分摊缴纳税款，重组之后继续作为二级分支机构管理的，按照实质重于形式的原则，不应作为新设分支机构，应该按规定继续计算分摊并就地缴纳税款。具体包括企业外部重组与内部重组两种情形：（1）汇总纳税企业当年由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的二级分支机构，并作为本企业二级分支机构管理的，该二级分支机构不视同当年新设立的二级分支机构，应按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。（2）汇总纳税企业内就地分摊缴纳企业所得税的总机构、二级分支机构之间，发生合并、分立、管理层级变更等形成的新设或存续的二级分支机构，不视同当年新设立的二级分支机构,应按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税
相关文件：《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(2012年第57号)、
134.分支机构计算分摊税款的三个因素如何确定？
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第十五条明确规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例。这就将“三因素”的所属区间统一限定为“上年度”，改变了原国税发[2008]28号文件对“三因素”所属区间“1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度”的规定，保证了一个纳税年度内上半年预缴、下半年预缴以及汇算清缴都采用一个所属区间的“三因素”数额计算分配比例，还可以克服新设立企业第二年上半年因没有上上年度“三因素”数额而无法参与就地分摊缴税的问题。
第十七条又细化了“三因素”的具体所属区间和具体内涵，即上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，是指分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据，是依照国家统一会计制度的规定核算的数据。明确了“三因素”是会计核算数据，而不是《企业所得税法》规定的概念，不需要进行纳税调整，这可以提高“三因素”的确定性，减少总分支机构主管税务机关之间的分歧。
相关文件：《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(2012年第57号)
135.分支机构计算分摊税款的比例确定后是否可以进行调整？
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第十五条规定，分支机构分摊比例按《办法》规定方法一经确定后，当年一般不作调整，即在当年预缴税款和汇算清缴时均采用同一分摊比例。针对上市公司等在首次预缴分摊采用的“三因素”与其后经过注册会计师审计的“三因素”数据存在差异的情况，第十七条进一步说明，一个纳税年度内，总机构首次计算分摊税款时采用的分支机构“三因素”数据，与此后经过中国注册会计师审计确认的数据不一致的，不作调整，保证了年度内分摊比例的一致性。
同时，第十五条也针对个别情况规定了例外情形，即出现《办法》第五条第（四）项（当年撤销分支机构不再参与分摊）和第十六条第二款（总机构设立具有主体生产经营职能部门视同分支机构，参与分摊）、第三款（企业外部重组与内部重组形成新分支机构不视同新设分支机构，参与分摊）情形外，应重新计算分摊比例。考虑到这是例外情形，并不会对分配比例的一致性造成冲击。
相关文件：《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(2012年第57号)
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