巴楚县新联房地产开发有限责任公司与国家税务总局巴楚县税务局行政处理再审行政裁定书
新疆维吾尔自治区喀什地区中级人民法院行政裁定书
（2019）新31行再3号
再审申请人（原审原告、二审上诉人）：巴楚县新联房地产开发有限责任公司，住所地巴楚县创业大道（工业园区管委会）。
法定代表人：魏太红，该公司总经理。
委托诉讼代理人：朱宏杰，新疆四至律师事务所律师。
被申请人（原审被告、二审被上诉人）：国家税务总局巴楚县税务局，住所地巴楚县团结西路**。
法定代表人：于飞，该局局长。
委托诉讼代理人：王凯，该局副局长。
委托诉讼代理人：刘宝纲，新疆新韵律师事务所律师。
再审申请人巴楚县新联房地产开发有限责任公司与被申请人国家税务总局巴楚县税务局税务行政处理纠纷一案，巴楚县人民法院于2017年11月9日作出（2017）新3130行初5号行政判决，巴楚县新联房地产开发有限责任公司不服该判决向本院提起上诉，本院作出（2018）新31行终5号行政判决书，驳回上诉，维持原判。巴楚县新联房地产开发有限责任公司不服此判决向新疆维吾尔自治区高级人民法院申请再审，高院指令我院再审。本院依法组成合议庭对本案进行了审查，现已审查终结。
本院审查过程中，2019年9月9日再审申请人巴楚县新联房地产开发有限责任公司以：“撤回再审申请”为由，向本院提出撤回再审申请。
本院经审查认为，再审申请人巴楚县新联房地产开发有限责任公司撤回再审申请的请求，不违反法律规定，本院予以准许。依照《中华人民共和国行政诉讼法》第六十二条、《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法>的解释》第一百一十五条第二款的规定，裁定如下：
准许再审申请人巴楚县新联房地产开发有限责任公司撤回再审申请。
审判长： 迪拉 热木
审判员： 胥 英
审判员： 努尔阿里亚
二Ｏ一九年九月十八日
书记员： 艾力 牙斯
巴楚县新联房地产开发有限责任公司与巴楚县地方税务局行政征收二审行政裁定书
新疆维吾尔自治区喀什地区中级人民法院行政裁定书
（2017）新31行终7号
上诉人（原审原告）巴楚县新联房地产开发有限责任公司，住所地巴楚县。
法定代表人尹海涛，该公司执行董事。
委托代理人朱宏杰，新疆四至律师事务所律师。
被上诉人（原审被告）巴楚县地方税务局，住所地巴楚县。
法定代表人陈新良，该局局长。
委托代理人胡志翔，新疆正嘉律师事务所律师。
委托代理人厚之纯，新疆正嘉律师事务所实习律师。
上诉人巴楚县新联房地产开发有限责任公司（以下简称巴楚新联公司）因税务征收一案，不服巴楚县人民法院（2016）新3130行初2号行政判决，向本院提出上诉。本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭审理了本案。上诉人巴楚新联公司的委托代理人朱宏杰、被上诉人巴楚县地方税务局的行政负责人王凯、委托代理人胡志翔、厚之纯到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
本院认为，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第八十八条第一款："纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。"《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第一百条："税收征管法第八十八条规定的纳税争议，是指纳税人、扣缴义务人、纳税担保人对税务机关确定纳税主体、征税对象、征税范围、减税、免税及退税、适用税率、计税依据、纳税环节、纳税期限、纳税地点以及税款征收方式等具体行政行为有异议而发生的争议。"即，纳税人同税务机关发生上述争议时，应当先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，才可以依法向人民法院起诉。本案中，巴楚新联公司与巴楚县地税局就涉案房地产土地增值税的征税范围、减税、免税及退税以及计税依据产生争议，但其未提供复议机关对该争议作出的复议结果。因此，巴楚新联公司应当先提起行政复议，对行政复议决定不服后，才可以依法向人民法院起诉。
综上，依照《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条第二款、第四十九条第（四）项及《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释》第三条第一款第（一）项之规定，裁定如下：
一、撤销巴楚县人民法院（2016）新3130行初2号行政判决；
二、驳回原审原告巴楚县新联房地产开发有限责任公司的起诉。
一、二审案件受理费共计200元，退还上诉人（原审原告）巴楚县新联房地产开发有限责任公司。
本裁定为终审裁定。
审 判 长：汤超
审 判 员：徐元华
审 判 员：陈辉
二Ｏ一七年三月十三日
书 记 员： 姑丽排热
巴楚县新联房地产开发有限责任公司与巴楚县地方税务局其他行政行为一审行政判决书
新疆维吾尔自治区巴楚县人民法院行政判决书
（2016）新3130行初2号
原告：巴楚县新联房地产开发有限责任公司，住所地巴楚县创业大道（工业园区管委会）。 法定代表人：尹海涛，该公司执行董事。 委托诉讼代理人：单丽娟，新疆信宏泽税务事务所税务师。 委托诉讼代理人：朱宏杰，新疆四至律师事务所律师。
被告：巴楚县地方税务局，住所地巴楚县团结西路19号。 法定代表人：陈新良，该局局长。 委托诉讼代理人：王凯，巴楚县地方税务局副局长。 委托诉讼代理人：胡志翔，新疆正嘉律师事务所律师。
原告巴楚县新联房地产开发有限责任公司与被告巴楚县地方税务局税务行政管理纠纷一案，本院于2016年6月23日立案后，依法适用普通程序，于2016年8月16日公开开庭进行了审理。原告巴楚县新联房地产开发有限责任公司及委托诉讼代理人单丽娟、朱宏杰，被告巴楚县地方税务局及委托诉讼代理人王凯、胡志翔到庭参加诉讼。本案经本院审判委员会2016年第7次会议讨论决定，现已审理终结。
被告巴楚县地方税务局于2016年3月15日作出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》：对原告巴楚县新联房地产开发有限公司开发的"新联未来城一期项目"土地增值税清算申报重新审核，审核后应补征土地增值税2476750.95元。
原告诉称，2016年3月31日，被告巴楚县地方税务局向原告巴楚县新联房地产开发有限责任公司送达巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》一份，称对原告开发的"新联未来城一期项目"土地增值税清算申报重新审核，审核后应补征土地增值税2476750.95元，并责令原告申报缴纳重新审核后应缴纳的土地增值税。原告认为，被告向原告送达【2016】3号《税务事项通知书》，要求补缴2476750.95元土地增值税，其计算依据、计算方式等均与有关规定相悖，该行为侵害了原告的合法权益，应予撤销。现诉至法院，请求法院依照《中华人民共和国行政诉讼法》的有关规定判令：1、撤销被告巴楚县地方税务局于2016年3月15日作出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》；2、本案诉讼费由被告承担。
庭审中，原告为支持其诉讼请求，向本院提交了以下证据：
1.国发2010第10号《国务院关于遏制部分城市房价过快上涨的通知》；2.国税发2010第53号国家税务总局《关于加强土地增值税征管工作的通知》。证实：1.是国务院遏制房价过快增长的文件；2.国家税务局具体细化执行国税发2010第53号文件。若被告分开计算土地增值税，会导致开发商成本增加房价上涨，这与国务院国发2010第10号文件精神相违背。经质证，被告对该两份证据的真实性无异议，关联性不予认可。本院对上述证据的关联性不予确认。
被告巴楚县地方税务局辩称，一、被告在对纳税人进行土地增值税清算时，其计税依据、计算方式引用了四个依据：1.《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字【1995】48号）第十三条第二款规定"对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额"。2.《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税【2006】21号）第一条第一款规定"纳税人既建造普通住宅，又建造其他商品房的，应分别核算土地增值额"。3.《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第一条规定"土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额"。4.《自治区地方税务局关于土地增值税若干问题的通知》（新地税发【2002】150号）第七条规定"房地产开发企业转让不同类别的房地产的，应分别核算，申报缴纳土地增值税"。上述四个文件均明确规定了纳税人开发的房地产项目中，既有普通标准住宅，又有其他房地产项目的，应当分别核算增值额。而本案中，原告开发的房地产项目中既有普通住宅，又有非普通住宅，还包括非住宅，被告按照上述四个文件的规定，对原告开发的不同类型房地产分别计算了增值额、增值率，计税依据是符合法律法规规定的，计算方式是正确的。
二、原告向被告提供的两份《土地增值税清算税款鉴证报告》中，计算方式是违反法律法规规定的。原告在两份《土地增值税清算税款鉴证报告》中均引用了（财税字【1995】48号）文件和（国税发【2006】187号）文件，但是，原告并没有按照这两个文件的要求，对不同类型的房地产分别计算增值额、增值率，而是合并计算了增值额，原告的计算方式是违反法律规定的。
综上所述，被告按照法律规定作出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》是符合法律规定的，计算方式是正确的，请法院依法驳回原告的诉讼请求。
庭审中，被告巴楚县地方税务局围绕诉讼请求，依法提交了以下证据：
一、1.巴楚县税务局机构代码证；2.王凯、付道平二人的执法资格证，证实被告具备本案的执法主体资格。经质证，原告对该组证据真实性、合法性、关联性均予以认可。本院对该组证据真实性予以确认。
二、被告作出的《税务事项通知书》及案件来源材料。
第一组证据：
1.2015年12月23日，被告巴楚县地方税务局出具巴地税通【2015】1130号《税务事项通知书》，对退还的土地增值税1104168.26元予以补征，且于同日将巴地税通【2015】1130号文书送达给原告的税务文书送达回证；2.巴地税通【2016】1号纳税担保《税务事项通知书》，及巴地税通【2016】1号税务文书送达回证；3.喀地税复决字【2016】1号《行政复议决定书》；4.2016年3月7日，巴地税通【2016】2号解除担保《税务事项通知书》及税务文书送达回证；5.2016年3月15日，巴地税通【2016】3号审核后应补征税款2476750.95元的《税务事项通知书》及税务文书送达回证。
以上内容证实被告依法作出巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》，事实清楚、证据确凿，适用法律、法规正确，且告知原告享有的相关权利，程序合法，并依法向原告送达，原告必须履行缴纳税款2476750.95元的义务。
第二组证据：
1.2015年10月，被告制作的《第一税务所自查案源登记表》1份；2.2015年11月15日，被告制作的《追回已退还土地增值税情况说明》1份；3．2016年3月2日，《重新审核应缴纳土地增值税的情况》1份；4.2016年3月2日，《关于重新审核巴楚县新联房地产开发有限责任公司应缴纳土地增值税的情况》1份。
以上内容证实案件来源及作出《税务事项通知书》程序合法，被告通过工作自查发现原告办理的土地增值税有误。2015年10月9日，分管局长提出追回已退还税款的意见，随即发出巴地税通【2015】1130号《税务事项通知书》，要求原告将已退还给原告的税款1104168.26元返还给被告，原告收到此通知书后向喀什地区地方税务局提出复议，喀什地区地方税务局作出复议决定：撤销巴地税通【2015】1130号《税务事项通知书》的具体行政行为，并责令巴楚县税务局重新做出土地增值税清算审核相关事宜的具体行政行为。被告按照法律依据又重新核算了原告应缴纳税款，最终确定原告应补缴土地增值税2476750.95元。被告对原告缴纳税款的审核合法，被告依据《土地增值税清算管理规程》第十六条所规定的案头审核对原告应缴纳税款进行审核。经质证，原告对上述证据的真实性予以认可。本院对上述证据的真实性予以确认。
三、审核报告及计算土地增值税事实依据：
第一组证据：
1.2016年3月7日《新联未来城一期土地增值税清算审核报告》，巴楚县地方税务局审核结果为：原告应补缴土地增值税2476750.95元。2.重新审核时通过QQ信箱和对话形式，对不予采信的数据与原告的代理进行了沟通和告知，截图10份。
上述内容证实原告要缴纳的土地增值税必须分别计算土地增值额和增值率，重新审核时与原告代理沟通，及时告知，经复核后原告应缴纳税款2476750.95元。经质证，原告对该份报告计算的增值额和增值率没有异议，但对计算土地增值税有异议。本院对上述证据的真实性予以确认。
第二组证据：
1.2009年3月17日，巴楚县发展计划局出具巴计立项【2009】053号文件，关于巴楚县新联地产有限责任公司新建中央商务区工程立项的批复；2.2009年6月5日，巴楚县建设局出具建设工程规划许可证，巴楚县新联房地产开发有限责任公司建设规模23500平方米；3.巴楚县国土资源局出具建设用地批准书，批准用地9747.50平方米；4.2009年7月8日，巴楚县城乡建设局出具建筑工程施工许可证，1-4号楼建设规模11823平方米；5.2010年1月28日，巴楚县城乡建设局出具建筑工程施工许可证，5、6号楼建设规模10703.98平方米；6.巴楚县房地产管理局出具新建房许字（2009）07、08、09、10号商品房预销售许可证（1-4号楼）及新建房许字（2010）03号、04号商品房预销售许可证（5-6号楼）；7.房屋测绘合同1份。
上述内容证实1.原告开发的项目中包含不同类型的房产，面积分别为：普通住宅面积14850.64平方米，非普通住宅314.34平方米，其他项目（非住宅）7482.96平方米。
2.应当分别核算原告的土地增值额。根据国税发〔2006〕187号第一条："土地增值税的清算单位：土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。"之规定，原告开发的项目应当分别计算增值额，交纳增值税。经质证，原告对该组证据的真实性认可，原告认为通过行政审批，1-4号是商住楼，5-6号是普通住宅，建筑施工许可证1-4号商宅楼，5-6号是普通住宅楼，审批最小单位是一栋，建设房屋审批许可也按栋审批。本院对上述证据的真实性予以确认。
第三组证据：
2013年11月23日，克州鑫华税务师事务所有限责任公司为原告清算土地增值税向被告出具的两份《土地增值税鉴证报告》（克鑫税师业字【2013】-011号、克鑫税师业字【2013】-012号）。
以上证据证实1、原告开发销售了不同类型的房产；2.面积分别一期1-4号楼住宅面积为9750.02平方米、非普通住宅0平方米、商铺2119.910平方米；5-6号楼住宅面积为5100.62平方米、非普通住宅314.340平方米、商铺5363平方米；3.原告转让房产的收入为57526035.67元（普通住宅收入：24,068,824.95元，非普通住宅收入：600,546.57元，其他项目（非住宅）收入：32,856,664.15元。）；4、这两份报告存在虚假核算、虚假申报，计算方式违反法律法规规定，土地增值税清算所依据税收政策（财税字【1995】48号）、（国税发【2006】187号）文件均规定，对不同类型的房地产分别计算增值额、增值率，而原告提供的清算资料合并计算了增值额。经质证，原告对该报告的真实性、合法性、关联性均认可，但对被告要证明的问题原告不予认可，被告的计算方式和分开计算的依据错误的，分开核算的依据并不充分。本院对上述证据的真实性予以确认。
第四组证据：
转让房产收入、扣除项目及应缴纳的土地增值税。
1.原告提供给被告的开发项目1-6号楼销售明细表1份共9页；2、房地产销售代理合同1份共5页；3、新联未来城销售代理合同补充协议书1份；4、2009年度企业财务报表1套；5、2010年度企业财务报表1套；6、2011年度企业财务报表1套。
以上内容证实原告开发项目收入分别为：普通住宅收入24,068,824.95元，非普通住宅收入600,546.57元，其他项目（非住宅）收入32,856,664.15元。
2.原告提供的开发项目可扣除的项目。（1）1-4号楼建设工程施工合同；（2）5、6号楼建设工程设计合同；（3）5、6号楼建设工程施工合同；（4）工程勘察合同（未来城项目勘察）；（5）新联未来城5、6号楼施工补充合同；（6）产品销售合同；（7）工矿产品购销合同；（8）室外配套施工合同；（9）水源热泵机组采购合同；（10）工业品买卖合同；（11）建筑业统一发票（建筑安装工程成本）；（12）通用机打发票（建筑安装工程成本）37份；（13）饮食业统一发票2份；（14）服务业统一发票（前期开发费用）6份；（15）税务机关代开统一发票（前期开发费用）4份；（16）非税收入专用收据（赞助费）；（17）广电网络专用发票（电视入网费）2份；（18）收据（预付工程款）6份；（19）借款单（勘察费）；（20）土地使用权证书1份；（21）国有建设用地使用权出让合同1份；（22）原告提交的其他申报清算材料156份。
上述证据证实1.依据《土地增值税暂行条例》第六条规定，原告开发项目可扣除的项目金额分别为：普通住宅37,850,572.35元，非普通住宅909,493.28元，其他项目（非住宅）24,600,827.66元。2.土地增值额分别为：销售普通标准住宅14850.64平方米，取得收入24,068,824.95元，可扣除成本37,850,572.35元，增值额-13,783,747.4元，增值率为0，应补土地增值税0元；销售非普通住宅314.34平方米，取得收入600,546.57元，可扣除项目909,493.28元，增值额-308,946.71元，增值率为0，应补土地增值税0元；销售非住宅7482.96平方米，取得收入32,856,664.15元，可扣除成本24,600,827.66元，增值额8,255,836.49元，增值率为34%；
被告认为通过上述四组证据证实原告应交纳的非住宅土地增值税为2,476,750.95元。即根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第七条第一款第一项即"土地增值税实行四级超率累进税率：增值额未超过扣除项目金额50％的部分，税率为30％。"之规定，原告的非住宅土地增值率为34%，即按照增值额（8,255,836.49×30％）应交纳土地增值税2,476,750.95元，完全符合法律规定。
经质证，原告对该两组证据的真实性予以认可，但对计算增值税的依据认为没有法律依据。
本院对上述证据的真实性予以确认。
四、退税资料
1.2013年11月23日，原告向被告提交的《申请》、《退税申请》；2.2014年6月19日，被告退还给原告预缴税款的《税收收入退还书》。
证实因原告错误计算及虚假申报其开发项目的土地增值税，导致被告退还其预缴的土地增值税1104168.26元。经质证，原告对退还税款的真实性认可，证明的事实不予认可，原告认为其并没有虚假申报税款，是税务机关的责任，不是原告的责任。本院对上述证据的真实性予以认可。
五、本案的法律依据。
1、中华人民共和国土地增值税暂行条例，1994年1月1日公布施行；2、中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则，1994年1月1日施行；3、财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知，财税字【1995】48号；4、中华人民共和国税收征收管理法；5、自治区地方税务局关于土地增值税若干问题的通知，新地税发【2002】150号；6、国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知，国税发【2006】187号；7、财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知，财税【2006】21号；8、国家税务总局关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知，国税发【2009】91号；9、国家税务总局第39号令《税务行政复议规则》；10、其他相关的法律法规1份。
以上内容证实1.被告作出的《税务事项通知书》无论是程序上还是实体上，均符合税收法律法规及相关税收规范性文件的规定；2、原告合并计算土地增值税，违反税收法律法规及相关税收规范性文件规定，住宅和非住宅项目必须分开核算土地增值额，分开计算缴纳土地增值税。经质证，原告认为对分别计算增值额、增值率认可，但被告提供的法律依据没有一条明确说明分开计算土地增值税，原告对被告所称分开计算土地增值税不予认可。本院对上述证据的真实性予以确认。
经庭审当事人陈述、举证及本院认证，审理查明事实如下：
2009年7月5日，巴楚县新联房地产开发有限责任公司对巴楚新联"未来城"一期1-4号商住楼进行开工建设，2009年12月30日竣工。2010年3月15日，巴楚县新联房地产开发有限责任公司对巴楚新联"未来城"一期5-6号商住楼进行开工建设，2010年11月15日竣工。2013年11月23日，克州鑫华税务师事务所有限责任公司接受委托，对巴楚县新联房地产开发有限责任公司开发的"新联未来城一期1-6号商住楼"项目截止2013年5月31日土地增值税清算税款申报进行鉴证审核。2013年11月23日，原告向巴楚县地方税局进行土地增值税清算申报。原告申报了新联未来城一期1-6号商住楼项目土地增值税：1-4号商住楼增值率为-16.92%，其中普通住宅增值率0.00%，其他项目增值率-16.92%，应缴土地增值税税额0.00元，已缴土地增值税税额470105.92元，应退土地增值税税额470105.92元；5-6号楼商住楼增值率为-7.74%，其中普通住宅增值率为0.00%，其他项目增值率-7.74%，应缴土地增值税税额0.00元，已缴土地增值税额634062.34元，应退土地增值税税额634062.34元，一期应退土地增值税税额共计1104168.26元。2013年11月24日，被告巴楚县地方税务局作出准予退还已预缴的土地增值税1104168.26元，且于2014年6月19日将该笔款项退还给原告巴楚县新联房地产开发有限责任公司。2015年10月9日，被告案件检查情况："我局第一税务所在2015年10月的日常征管工作自查中，对前期退税资料进行复查，发现巴楚县新联房地产开发有限责任公司2014年6月办理土地增值税退税1104168.26元，未按照税收法律、法规的规定对涉及不同类型的房地产项目分别计算增值额、增值率、缴纳土地增值税，属于计税依据和政策适用错误，责令第一税务所追回已退还的土地增值税，并按照税收法律、法规的规定重新审核该项目土地增值税清算资料。"2015年12月23日，被告巴楚县地方税务局作出巴地税通【2015】1130号税务事项通知书，通知内容："限巴楚县新联房地产开发有限责任公司在收到本通知后7日内，向我局申报缴纳土地增值税1104168.26元"，且将该通知已送达原告。2016年1月8日，被告巴楚县地方税务局作出巴地税通【2016】1号税务事项通知书，事由："我局于2015年12月23日向你公司送达了《税务事项通知书》巴地税通【2015】1130号，责令你公司7日内申报缴纳土地增值税1104168.26元，截止到2016年7月1日未申报缴纳。依据《中华人民共和国税收征收管理法》第八十八条第一款、《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第一百条之规定，责令巴楚县新联房地产开发有限责任公司在收到本通知后15日内向我局提供纳税担保···。"2016年2月24日，喀什地区地方税务局作出喀地税复决字【2016】1号行政复议决定书，"巴楚县新联房地产开发有限责任公司对巴楚县地方税务局2015年12月23日作出的《税务事项通知书》（巴地税通【2015】1130）对退还的预缴土地增值税予以补征的决定不服。在巴楚县地方税务局规定的期限内提供纳税担保后，于2016年1月18日向我局提出行政复议申请。根据《中华人民共和国行政复议法》第二十八条、《行政复议法实施条例》第四十五条、第四十九条、《税务行政复议规则》第七十五条第三款，本机关决定：（一）撤销被申请人《税务事项通知书》（巴地税通【2015】1130号）具体行政行为。同时立即解除纳税担保关系。（二）责令被申请人自收到复议决定书之日起六十日内重新做出土地增值税清算审核相关事宜的具体行政行为。"2016年3月7日，巴楚县地方税务局作出巴地税通【2016】2号税务事项通知书，"根据喀什地区地方税务局作出喀地税复决字【2016】1号行政复议决定书第一项规定，解除原告公司2016年1月13日向被告处提供的纳税担保。"同日，被告对"新联未来城一期"土地增值税清算审核报告结果为："1、普通标准住宅清算审核后增值额为-13783747.40元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，已预征0元，应退土地增值税0元；2.非普通住宅清算审核后增值额为-308946.71元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，已预征0元，应退土地增值税0元；3.非住宅清算审核后增值额为8255836.49元，增值率为34%，应缴纳土地增值税2476750.95元，已预征0元，应补土地增值税2476750.95元。"2016年3月15日，巴楚县地方税务局作出巴地税通【2016】3号税务事项通知书，"依据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十六条、《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》（国税发【2009】91号）之规定，对你公司开发的'新联未来城一期项目'土地增值税清算申报重新审核，审核后应补征土地增值税2476750.95元。"原告对该决定不服，现诉至法院，要求撤销被告巴楚县地方税务局于2016年3月15日做出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》。
本院认为，本案要审查的是被告巴楚县地方税务局向原告作出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》所认定的事实是否清楚，适用法律、法规是否正确，程序是否合法。原告开发的巴楚新联"未来城"包含普通住宅和非普通住宅。原告在向被告申报土地增值税清算时，将普通住宅和非普通住宅合并清算，申报应缴土地增值税为0。原告认为合并清算的主要依据是国税发【2006】187号、财法字【1995】6号、国税发【2009】91号、新地税发【2005】208号的规定，本案土地增值税的清算以"幢"为单位进行核算已经到了最小单位，无法再继续细分；且依据《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字【1995】48号）第十三条规定"关于既建普通标准住宅又搞其他类型房地产开发的如何计税的问题，对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定"；国务院令1993年第138号《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条有下列情形之一的，免征土地增值税："（一）纳税人建造普通标准住宅出售、增值额未超过扣除项目金额20%的"。原告认为其完全可以以放弃免税权利为代价，来合并核算土地增值额。但被告依据《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》(国税发【2009】91号)第十七条规定，"清算审核时，应审核......对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。"被告对原告的普通住宅、非普通住宅、非住宅分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税，计算出原告应缴纳："1、普通标准住宅清算审核后增值额为-13783747.40元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，已预征0元，应退土地增值税0元；2.非普通住宅清算审核后增值额为-308946.71元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，已预征0元，应退土地增值税0元；3.非住宅清算审核后增值额为8255836.49元，增值率为34%，应缴纳土地增值税2476750.95元，已预征0元，应补土地增值税2476750.95元"。被告依据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则与相关政策规定，向原告发出税款缴纳的通知，并告知了相关权利义务。被告作出的具体行政行为所认定的事实清楚，适用法律、法规正确，程序合法。原告的诉讼请求，无法律依据，应予以驳回。
综上所述，依照《最高人民法院关于执行中华人民共和国行政诉讼法若干问题的解释》第五十六条第四项规定，判决如下：
驳回原告巴楚县新联房地产开发有限责任公司要求撤销被告巴楚县地方税务局作出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》的诉讼请求。
案件受理费100元，由原告巴楚县新联房地产开发有限责任公司承担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内提起上诉，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数递交上诉状副本，上诉于喀什地区中级人民法院。
审 判 长： 张水华
代理审判员： 伍梅
人民陪审员： 黄彩霞
二Ｏ一六年十月十七日
书记员： 张淋波