假设某一般纳税人，从小规模纳税人处购进免税农产品，取得的增值税专用发票上注明的价款是100，税额是3，总价103.该农产品购进后是用于深加工，产成品税率是17%。购进时，纳税人会计处理为：借：原材料92，借：应交税费-应交增值税（进项税额）11，贷：银行存款103。按规定，领用原材料进行深加工时，还可以抵扣（13%-11%）的税额，请问这时是用92*（13%-11%），还是100*（13%-11%）呢？

解释：销售非自产农产品的小规模纳税人，只有开具的专用发票才能够抵扣，开具普通发票不能用于下一方的一般纳税人抵扣。所以这儿取得专用发票100不含税金额，税额是3，此时抵扣税额是100*11%=11，加计扣除农产品进项税额于生产领用当期按简并税率前的扣除率与11%之间的差额计算当期可加计扣除的农产品进项税额。

（1）购进时纳税人会计处理为：

借：原材料92
借：应交税费-应交增值税（进项税额）11
贷：银行存款103

其实小编认为可以直接计提出来2%部分作为待抵扣处理，这比将来再冲减成本（生产成本）时结果是一个样的。因为是生产领用时加计抵扣。

（2）领用原材料进行深加工时

此时如何计算呢？大家可以看看抵扣力度不变的解释，意思是一样的基数抵扣从11%到13%才对的。国家税务总局公告2017年第19号的解读中提到（解释性的理解）：

加计扣除农产品进项税额=当期生产领用农产品已按11%税率（扣除率）抵扣税额÷11%×（简并税率前的扣除率-11%）

如果上面的全部领用了，此时11/11%*(13%-11%)=100*2%=2,此为抵扣的加计额，此时的会计处理是：

借：应交税费-应交增值税（进项税额）2
贷：生产成本 2

此时要考虑配比上才是恰当的，这个生产成本要注意分清领用的使用产品分类，这是基本的核算部分了。